Análisis mejorado del cáncer de riñón

Cada año, poco más de 1000 personas son diagnosticadas con cáncer de riñón en Suecia. Las tres variantes más comunes son el cáncer renal de células claras, papilar y cromófobo. Los investigadores comparan la expresión génica en células tumorales de un paciente con cáncer de riñón con células de tejido sano para determinar en qué parte del riñón comenzó el cáncer y qué salió mal en estas células. Ahora, un equipo de investigación de la Universidad de Lund en Suecia ha descubierto que en la base de datos Cancer Genome Atlas, la expresión génica en muestras de referencia de tejido normal varía, dependiendo de en qué parte del riñón se hayan tomado las muestras. Los análisis se pueden mejorar aclarando qué muestras corresponden al tejido correcto. El estudio ahora ha sido publicado en Cell Reports.

“Todo está regulado de manera muy específica y las células tienen una expresión génica diferente y, por lo tanto, propiedades dependiendo de su ubicación en el tubo”, explica Håkan Axelson, líder del equipo de investigación y profesor de biología molecular de tumores.

Cuando se toma una biopsia de tumor de un paciente y se compara con tejido renal sano, sirve para mapear cómo se expresan los diversos genes para aclarar qué ha fallado en las células tumorales. El Atlas del Genoma del Cáncer, una base de datos internacional que contiene casi 1000 muestras de tumores renales y tejido sano, es una herramienta en este proceso.

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“Pero cuando nuestro equipo de investigación estudió las muestras de la base de datos, notamos una gran variedad de expresiones génicas entre las muestras de tejido normal. Resultó que las muestras en el Atlas del Genoma del Cáncer se tomaron a diferentes profundidades en el riñón y, por lo tanto, contienen diferentes tipos de células, lo que significa que sus expresiones genéticas también varían”, dice Håkan Axelson.

Comparación poco fiable y, a veces, completamente incorrecta

Las muestras de referencia normales contienen varios tipos de células según el lugar del riñón en el que se hayan tomado. Dado que el Atlas no indica la ubicación en el riñón en la que se recolectó la muestra de referencia, la comparación corre el riesgo de ser poco confiable y, a veces, completamente incorrecta.

“Dado que la expresión génica en las células varía según su ubicación, es importante que las muestras normales contenidas en la base de datos también se tomen de la ubicación correspondiente a la del tumor del paciente”, dice David Lindgren, autor principal. de El estudio.

A modo de ejemplo, anteriormente se sospechaba que los tumores de células claras se producen en la primera parte de la nefrona, pero si estas células tumorales se comparan con una muestra normal extraída más profundamente dentro de la nefrona, las células no se corresponderán con la muestra del tumor. La expresión génica es por lo tanto diferente. Aunque cada paciente es único, los diversos tipos de tumores tienen diferentes cambios genéticos específicos que se producen como consecuencia de las propiedades de la célula en la que se originó el tumor.

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“Es sumamente importante saber qué caracteriza a las células en las que se produce el tumor. A través de una mejor comprensión de esta interacción, podemos aumentar nuestra comprensión del curso de la enfermedad, lo que podría ser importante para el diagnóstico y, a más largo plazo, también para la elección del tratamiento”, concluye Håkan Axelson.

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